Το Χατζηκυριάκειο Ίδρυμα  διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο και ενώ υποχρεούται σε διατήρηση βιβλίων εσόδων- εξόδων, για λόγους διαφάνειας και καλύτερης διαχείρισης, διατηρεί βιβλία Γ’ κατηγορίας και ελέγχεται κάθε χρόνο από την Εταιρεία Ορκωτών Λογιστών Grand Thornton.